Gene-based multiple trait analysis for exome sequencing data

BMC Proceedings

Table 2 Power to detect the causal genes on Q2 at the 0.05 significance level

Gene	Q1	Q2	Q4	D	Q2+D	Q1+Q2 +Q4+D	OCMT	Subset with the highest power (power)
BHCE	0.060 0.055	0.445 0.430	0.075 0.060	0.170 0.160	0.340 0.340	0.210 0.190	0.215 0.205	Q2+D (0.340) Q2+D (0.340)
GCKR	0.040 0.055	0.415 0.430	0.040 0.020	0.105 0.105	0.380 0.385	0.310 0.330	0.295 0.350	Q1+Q2 (0.455) Q1+Q2 (0.390)
INSIG1	0.045 0.035	0.030 0.035	0.055 0.045	0.550 0.045	0.050 0.030	0.070 0.045	0.065 0.035	Q1+Q4+D (0.080) Q1+D (0.065)
LPL	0.065 0.070	0.095 0.165	0.055 0.020	0.090 0.045	0.065 0.140	0.125 0.125	0.120 0.130	Q1+D (0.190) Q1+Q2 (0.210)
PDGFD	0.020 0.020	0.275 0.300	0.040 0.030	0.105 0.070	0.175 0.225	0.160 0.175	0.155 0.175	Q1+Q2+D (0.190) Q2+D (0.225)
PLAT	0.025 0.025	0.050 0.070	0.010 0.010	0.075 0.095	0.060 0.095	0.045 0.045	0.040 0.035	Q2+D (0.060) Q2+D (0.095)
RARB	0.225 0.050	0.105 0.070	0.095 0.040	0.075 0.060	0.075 0.055	0.145 0.065	0.135 0.070	Q1+Q2 (0.160) Q1+D (0.070)
SIRT1	0.050 0.065	0.605 0.555	0.060 0.050	0.090 0.090	0.530 0.450	0.445 0.410	0.480 0.430	Q1+Q2 (0.545) Q1+Q2 (0.515)
SREBF1	0.085 0.035	0.515 0.540	0.055 0.035	0.115 0.100	0.420 0.500	0.410 0.385	0.415 0.395	Q1+Q2 (0.520) Q2+D (0.500)
VLDLR	0.025 0.025	0.140 0.230	0.030 0.015	0.090 0.070	0.145 0.210	0.095 0.125	0.100 0.095	Q2+D (0.145) Q2+D (0.210)
VNN1	0.465 0.045	0.210 0.050	0.065 0.065	0.115 0.045	0.140 0.050	0.295 0.035	0.285 0.030	Q1+Q2 (0.360) Q1+Q2 (0.065)
VNN3	0.035 0.025	0.460 0.380	0.055 0.035	0.070 0.055	0.365 0.275	0.260 0.205	0.280 0.195	Q2+Q4 (0.040) Q2+Q4 (0.280)
VWF	0.030 0.025	0.245 0.205	0.050 0.035	0.140 0.075	0.205 0.170	0.115 0.110	0.110 0.120	Q2+D (0.205) Q2+D (0.170)

We report the powers without (upper) and with (lower) the adjustment of stratification for the single-trait analyses (Q1, Q2, Q4, D), the CMT method for Q2 and D (Q2+D), the CMT method for all the four traits (Q1+Q2+Q4+D), and the OCMT method (OCMT). The last column presents the subset with the highest power among all the subsets with at least two traits and its power (in parentheses).

ISSN: 1753-6561