TY - JOUR AU - Hedegaard, J. AU - Bicciato, S. AU - Bonnet, A. AU - Ramirez-Boo, M. AU - Buitenhuis, B. AU - Collado-Romero, M. AU - Conley, L. N. AU - Cristobal, M. S. AU - Ferrari, F. AU - Groenen, M. A. M. AU - Hornshøj, H. AU - Hulsegge, I. AU - Jiang, L. AU - Arce-Jiménez, C. AU - Jiménez-Marín, A. AU - Kommadath, A. AU - Lagarrigue, S. AU - Leunissen, J. A. M. AU - Liaubet, L. AU - Neerincx, P. B. T. AU - Nie, H. AU - Garrido, J. J. AU - Prickett, D. AU - Rebel, J. M. J. AU - Robert-Granié, C. AU - Skarman, A. AU - Smits, M. A. AU - Sørensen, P. AU - Tosser-Klopp, G. AU - Poel, J. V. D. AU - Watson, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Methods for interpreting lists of affected genes obtained in a DNA microarray experiment JO - BMC Proceedings VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1753-6561-3-S4-S5 DO - 10.1186/1753-6561-3-S4-S5 ID - Hedegaard2009 ER - TY - STD TI - Gene Ontology. [http://www.geneontology.org/] UR - http://www.geneontology.org/ ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Dettling, B. B. M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. H. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Falcon, S. AU - Gentleman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using GOstats to test gene lists for GO term association JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl567 DO - 10.1093/bioinformatics/btl567 ID - Falcon2007 ER - TY - STD TI - Pages H, Carlson M, Falcon S, Li N: AnnotationDbi: Annotation Database Interface. R package version 1.4.0. ID - ref5 ER - TY - STD TI - Durinck S, Huber W, Davis S: biomaRt: Interface to BioMart databases (e.g. Ensembl, Wormbase and Gramene). R packageversion 1.16.0. ID - ref6 ER - TY - STD TI - BioMart databases. [http://www.biomart.org] UR - http://www.biomart.org ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Callegaro, A. AU - Basso, D. AU - Bicciato, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A locally adaptive statistical procedure (LAP) to identify differentially expressed chromosomal regions JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl455 DO - 10.1093/bioinformatics/btl455 ID - Callegaro2006 ER - TY - STD TI - Ensembl Genome Database. [http://www.ensembl.org] UR - http://www.ensembl.org ID - ref9 ER - TY - STD TI - EADGENE Oligo Set Annotation Files. [http://www.eadgene.info/TheProject/Integration/BiologicalresourcesandfacilitiesWP11/EADGENEOligoSetsAnnotationFiles/tabid/324/Default.aspx] UR - http://www.eadgene.info/TheProject/Integration/BiologicalresourcesandfacilitiesWP11/EADGENEOligoSetsAnnotationFiles/tabid/324/Default.aspx ID - ref10 ER - TY - BOOK PY - 2008 DA - 2008// TI - R: A language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref11 ER - TY - STD TI - Pollard KS, Ge Y, Taylor S, Dudoit S: multtest: Resampling-based multiple hypothesis testing. R package version 1.22.0. ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Spellman, P. T. AU - Rubin, G. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evidence for large domains of similarly expressed genes in the Drosophila genome JO - J Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1475-4924-1-5 DO - 10.1186/1475-4924-1-5 ID - Spellman2002 ER - TY - JOUR AU - Gierman, H. J. AU - Indemans, M. H. G. AU - Koster, J. AU - Goetze, S. AU - Seppen, J. AU - Geerts, D. AU - van Driel, J. AU - Versteeg, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Domain-wide regulation of gene expression in the human genome JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6276007 DO - 10.1101/gr.6276007 ID - Gierman2007 ER -