Table 2 Concordance of calling algorithms
From: Look who is calling: a comparison of genotype calling algorithms
SNPs from groupa | Concordance between | Minimum concordance |
|---|---|---|
p1 | BRLMM-JAPL | 0.3215 |
p1 | BRLMM-Chiamo++, without allele flips | 0.7725 |
p1 | BRLMM-Chiamo++ | 0.486 |
p1 | BRLMM-Chiamo++-JAPL | 0.3158 |
p2 | BRLMM-Chiamo++, without allele flips | 0.9202 |
p2 | BRLMM-Chiamo++ | 0.466 |
p2 | BRLMM-Chiamo++-JAPL | 0.3663 |
p3 | Chiamo++-BRLMM | 0.4933 |
p3 | Chiamo++-JAPL | 0.1848 |
p3 | Chiamo++-JAPL-BRLMM | 0.1787 |
p4 | BRLMM-JAPL | 0.9683 |
p4 | BRLMM-JAPL-Chiamo++ | 0.781 |
p5 | BRLMM-Chiamo++-JAPL, without allele flips | 0.8987 |
p6 | JAPL-Chiamo++ | 0.4648 |
p6 | JAPL-Chiamo++-BRLMM | 0.4628 |
p7 | JAPL-BRLMM | 0.3952 |
p7 | JAPL-Chiamo++ | 0.7037 |
p7 | JAPL-BRLMM-Chiamo++ | 0.4888 |