Skip to main content

Table 1 Bootstrapping results of detected edges from predictors to phenotypes

From: Selection of important variables by statistical learning in genome-wide association analysis

 

Scenarios

 

Original

+ 7 LD free SNPs

+ 7 SNPs with LD

+ 50 random SNPs

Predictors and SNPs

MIevent2

cac2

MIevent2

cac2

MIevent2

cac2

MIevent2

cac2

cac2

0.575 a

0.000

0.603

0.000

0.626

0.000

0.541

0.000

smoke2

0.600

0.264

0.557

0.274

0.603

0.252

0.466

0.238

age2

0.218 b

0.253

0.196

0.343

0.181

0.365

0.296

0.250

chol2

0.173

0.670

0.176

0.692

0.174

0.691

0.122

0.713

hdl2

0.162

0.362

0.265

0.286

0.284

0.265

0.124

0.275

sex

0.257

0.247

0.200

0.206

0.183

0.205

0.092

0.099

τ1

0.213

0.215

0.146

0.126

0.144

0.122

0.063

0.067

τ2

0.230

0.236

0.171

0.154

0.175

0.156

0.102

0.059

τ3

0.192

0.283

0.136

0.134

0.113

0.135

0.090

0.085

τ4

0.209

0.270

0.179

0.185

0.179

0.204

0.057

0.084

τ5

0.218

0.252

0.195

0.371

0.168

0.321

0.107

0.084

τ6

0.245

0.169

0.204

0.106

0.228

0.096

0.099

0.076

τ7

0.236

0.158

0.182

0.136

0.207

0.133

0.110

0.063

n1

  

0.067

0.063

0.079

0.106

0.040

0.036

n2

  

0.083

0.093

0.005

0.005

0.012

0.010

n3

  

0.041

0.051

0.127

0.097

0.013

0.016

n4

  

0.079

0.064

0.015

0.007

0.033

0.042

n5

  

0.064

0.065

0.068

0.061

0.007

0.015

n6

  

0.040

0.034

0.113

0.143

0.022

0.032

n7

  

0.032

0.032

0.022

0.019

0.028

0.018

  1. aBold font indicates relationship found in >30% of the 200 replicates by bootstrapping.
  2. bItalic, underlined font indicates relationship found in >20% (≤ 30%) of the 200 replicates by bootstrapping.