From: Selection of important variables by statistical learning in genome-wide association analysis
Scenarios | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Original | + 7 LD free SNPs | + 7 SNPs with LD | + 50 random SNPs | |||||
Predictors and SNPs | MIevent2 | cac2 | MIevent2 | cac2 | MIevent2 | cac2 | MIevent2 | cac2 |
cac2 | 0.575 a | 0.000 | 0.603 | 0.000 | 0.626 | 0.000 | 0.541 | 0.000 |
smoke2 | 0.600 | 0.264 | 0.557 | 0.274 | 0.603 | 0.252 | 0.466 | 0.238 |
age2 | 0.218 b | 0.253 | 0.196 | 0.343 | 0.181 | 0.365 | 0.296 | 0.250 |
chol2 | 0.173 | 0.670 | 0.176 | 0.692 | 0.174 | 0.691 | 0.122 | 0.713 |
hdl2 | 0.162 | 0.362 | 0.265 | 0.286 | 0.284 | 0.265 | 0.124 | 0.275 |
sex | 0.257 | 0.247 | 0.200 | 0.206 | 0.183 | 0.205 | 0.092 | 0.099 |
τ1 | 0.213 | 0.215 | 0.146 | 0.126 | 0.144 | 0.122 | 0.063 | 0.067 |
τ2 | 0.230 | 0.236 | 0.171 | 0.154 | 0.175 | 0.156 | 0.102 | 0.059 |
τ3 | 0.192 | 0.283 | 0.136 | 0.134 | 0.113 | 0.135 | 0.090 | 0.085 |
τ4 | 0.209 | 0.270 | 0.179 | 0.185 | 0.179 | 0.204 | 0.057 | 0.084 |
τ5 | 0.218 | 0.252 | 0.195 | 0.371 | 0.168 | 0.321 | 0.107 | 0.084 |
τ6 | 0.245 | 0.169 | 0.204 | 0.106 | 0.228 | 0.096 | 0.099 | 0.076 |
τ7 | 0.236 | 0.158 | 0.182 | 0.136 | 0.207 | 0.133 | 0.110 | 0.063 |
n1 | 0.067 | 0.063 | 0.079 | 0.106 | 0.040 | 0.036 | ||
n2 | 0.083 | 0.093 | 0.005 | 0.005 | 0.012 | 0.010 | ||
n3 | 0.041 | 0.051 | 0.127 | 0.097 | 0.013 | 0.016 | ||
n4 | 0.079 | 0.064 | 0.015 | 0.007 | 0.033 | 0.042 | ||
n5 | 0.064 | 0.065 | 0.068 | 0.061 | 0.007 | 0.015 | ||
n6 | 0.040 | 0.034 | 0.113 | 0.143 | 0.022 | 0.032 | ||
n7 | 0.032 | 0.032 | 0.022 | 0.019 | 0.028 | 0.018 |