Comparing family-based rare variant association tests for dichotomous phenotypes

BMC Proceedings

Table 2 Empirical power for the top 6 causal genes affecting both simulated SBP and DBP at the 0.05 significance level

GENE	Proportion of causal variants	GEE-KM	PedCMC	PedGene		FARVAT
GENE	Proportion of causal variants	GEE-KM	PedCMC	Kernel	Burden	C-alpha	Burden	SKAT-O
MAP4	10 %	0.005	0.110	0.065	0.015	0.160	0.055	0.105
MAP4	50 %	0.075	0.165	0.190	0.485	0.270	0.545	0.435
NRF1	10 %	0.010	0.000	0.005	0.010	0.015	0.020	0.020
NRF1	50 %	0.005	0.020	0.115	0.065	0.070	0.015	0.055
TNN	10 %	0.045	0.005	0.005	0.005	0.005	0.010	0.005
TNN	50 %	0.085	0.020	0.025	0.020	0.025	0.025	0.025
LEPR	10 %	0.010	0.075	0.005	0.045	0.010	0.055	0.030
LEPR	50 %	0.000	0.010	0.020	0.010	0.020	0.020	0.010
FLT3	10 %	0.000	0.245	0.440	0.160	0.505	0.255	0.450
FLT3	50 %	0.035	0.040	0.525	0.410	0.450	0.395	0.425
ZNF443	10 %	0.215	0.005	0.090	0.090	0.060	0.065	0.050
ZNF443	50 %	0.185	0	0.190	0.045	0.125	0.010	0.075
Mean	10 %	0.048	0.073	0.102	0.054	0.126	0.077	0.110
Mean	50 %	0.064	0.043	0.178	0.173	0.160	0.168	0.171
Median	10 %	0.010	0.040	0.035	0.030	0.038	0.055	0.040
Median	50 %	0.055	0.020	0.153	0.055	0.098	0.023	0.065

ISSN: 1753-6561