Skip to main content

Table 2 Empirical power for the top 6 causal genes affecting both simulated SBP and DBP at the 0.05 significance level

From: Comparing family-based rare variant association tests for dichotomous phenotypes

GENE Proportion of causal variants GEE-KM PedCMC PedGene FARVAT
Kernel Burden C-alpha Burden SKAT-O
MAP4 10 % 0.005 0.110 0.065 0.015 0.160 0.055 0.105
50 % 0.075 0.165 0.190 0.485 0.270 0.545 0.435
NRF1 10 % 0.010 0.000 0.005 0.010 0.015 0.020 0.020
50 % 0.005 0.020 0.115 0.065 0.070 0.015 0.055
TNN 10 % 0.045 0.005 0.005 0.005 0.005 0.010 0.005
50 % 0.085 0.020 0.025 0.020 0.025 0.025 0.025
LEPR 10 % 0.010 0.075 0.005 0.045 0.010 0.055 0.030
50 % 0.000 0.010 0.020 0.010 0.020 0.020 0.010
FLT3 10 % 0.000 0.245 0.440 0.160 0.505 0.255 0.450
50 % 0.035 0.040 0.525 0.410 0.450 0.395 0.425
ZNF443 10 % 0.215 0.005 0.090 0.090 0.060 0.065 0.050
50 % 0.185 0 0.190 0.045 0.125 0.010 0.075
Mean 10 % 0.048 0.073 0.102 0.054 0.126 0.077 0.110
50 % 0.064 0.043 0.178 0.173 0.160 0.168 0.171
Median 10 % 0.010 0.040 0.035 0.030 0.038 0.055 0.040
50 % 0.055 0.020 0.153 0.055 0.098 0.023 0.065