Skip to main content

Table 1 Rate of successfully classified relationships. Frequency pairs within each relationship are correctly assigned to this degree of relationship

From: Estimating relationships between phenotypes and subjects drawn from admixed families

 

Degree of relationship

Design

Estimator

1st

2nd

3rd

4th

Unrelated

Agnostic WGS

MLE

99.7 %

91.0 %

76.1 %

60.2 %

99.7 %

MoM

100 %

93.4 %

54.4 %

16.9 %

14.5 %

KING

98.9 %

65.2 %

30.5 %

14.9 %

100 %

PC-Relate

99.7 %

94.1 %

81.9 %

57.9 %

93.9 %

Selective WGS

MLE

99.7 %

92.7 %

76.3 %

61.3 %

99.9 %

MoM

100 %

97.4 %

78.4 %

38.1 %

58.0 %

KING

100 %

96.7 %

80.9 %

47.3 %

86.3 %

PC-Relate

99.5 %

91.8 %

78.4 %

62.6 %

100 %

Selective exome

MLE

99.7 %

93.2 %

80.2 %

62.6 %

99.2 %

MoM

99.7 %

96.5 %

71.6 %

33.0 %

43.4 %

KING

99.5 %

80.0 %

52.4 %

30.5 %

99.5 %

PC-Relate

99.7 %

96.5 %

79.8 %

52.4 %

97.1 %

Homogenizing WGS

MLE

99.5 %

91.0 %

74.2 %

57.3 %

100 %

MoM

99.5 %

96.3 %

79.6 %

44.9 %

61.7 %

KING

99.5 %

88.1 %

73.3 %

59.5 %

99.9 %

PC-Relate

99.7 %

92.7 %

79.6 %

62.0 %

100 %